En varios episodios en la primera temporada, Bruce Wayne repasa el asesinato de sus padres varias veces. En el estreno de la cuarta temporada, Batman le dice a Dick Grayson, cuyos padres acaban de ser asesinados por Tony Zucco, que el «hombre que asesinó a mis padres nunca fue llevado ante la justicia». Thomas Wayne aparece en Liga de la Justicia Ilimitada. Al igual que en el universo original de Flashpoint, Thomas Wayne se convierte en un vigilante de lucha contra el crimen después de la muerte de su hijo, mientras que Martha Wayne se vuelve loca como el Joker. Bruce Wayne deja rosas en el lugar del asesinato de sus padres en el aniversario del evento (como lo hace en los cómics, excepto que deja las rosas en sus tumbas). Lo más importante, sirve como la motivación para que Bruce se convierta en Batman. Batman Forever presenta un nuevo flashback del asesinato de los Waynes, con Michael Scranton como Thomas Wayne. Thomas Wayne aparece con su esposa en The Super Powers Team: Galactic Guardians, con la voz de Paul Kirby. El Dr. Wayne intenta proteger a su esposa después de que Chill intenta arrancar el collar de Martha. En el episodio «Ira de los villanos: esta bola de barro y maldad», se reveló que Patrick «Matches» Malone fue quien mató a Thomas y Martha Wayne.
Thomas Wayne apareció en Batman (1989) de Tim Burton, interpretado por David Baxt. De esta forma, en su primera historia Batman: año uno (publicada en los números 404-407, 1987) Frank Miller y el artista gráfico David Mazzucchelli volvieron a considerar el origen del personaje, a partir de una nueva perspectiva. El Dr. Thomas Wayne aparece en Batman: Gotham Knight, con la voz de Jason Marsden. Thomas le dice a Jor-El que la gente de la Tierra no es perfecta, sino que es esencialmente una raza buena y amable, que criaría al niño correctamente, convenciendo a Jor-El de enviar a Kal-El allí. El asesinato de él y Martha Wayne es el foco principal de la serie, ya que fueron disparados en el episodio piloto por un hombre enmascarado con zapatos brillantes. Es un exitoso hombre de negocios que se postula para convertirse en alcalde de Gotham City, sin embargo, tiene poca simpatía por las clases bajas, ya que cree que no tienen a nadie más que culpar por su desgracia.
En la novela gráfica escrita por Geoff Johns y con arte de Gary Frank, Batman:Tierra uno, Thomas Wayne era un médico que se postuló para alcalde contra Oswald Cobblepot. Thomas registró su encuentro en un diario, niñas disfrazadas de harley quinn que fue descubierto por Bruce en la actualidad. En el episodio «Dreams in Darkness», Batman está nuevamente drogado con toxina del miedo y ve a sus padres caminando hacia un túnel, y corre hacia ellos diciéndoles que se detengan. Entran en el túnel, que se revela como el cañón de un arma gigante, goteando sangre. A pesar de su perspectiva cínica, Batman a regañadientes ayuda a Barry Allen con un dispositivo para recrear el accidente detrás de los poderes de Barry como Flash. También en el futuro, se malinterpretó que Thomas era Batman mientras que Martha era Batwoman y su hijo era Red Robin. Thomas Wayne aparece en la serie de precuelas Pennyworth como parte del reparto principal interpretado por Ben Aldridge. Después de la destrucción de Tierra-2 en la guerra con Apokolips como se ve en la historia de Convergence, Thomas Wayne es uno de los pocos sobrevivientes transferidos al mundo de Telos, junto con Dick Grayson y otros héroes.
Sin embargo, esta versión también tuvo un segundo hijo llamado Thomas Wayne Jr. En el episodio «El yunque o el martillo», Sid Bunderslaw revela que Thomas había guardado silencio sobre las actividades ilegales en Empresas Wayne. Antes de morir, Thomas ve a su esposa muerta y llama a «Martha» como su última palabra. Su esposa Martha Wayne también es asesinada cuando el asaltante intenta tomar su collar de perlas. Cobblepot había intentado organizar el asesinato de su oponente durante la salida de este último al cine con su familia, pero un asaltante los atrapó primero y mató a Thomas y su esposa. Pero el collar se rompe en pedazos cuando cae y el asaltante se escapa, probablemente por miedo a la policía. Thomas se para frente al asaltante en un intento de salvar a su familia, pero el asaltante le dispara. Thomas luego golpea a Arthur por hablar antes con su hijo y amenaza con matarlo si alguna vez se acerca a Bruce y lo lastima. En el primer episodio, Bruce menciona los libros de leyes de su padre, lo que implica que su padre no era un médico como las otras versiones. Al igual que su contraparte original, se casó con Martha Kane y engendró a Bruce Wayne.
Thomas Wayne aparece en Batman: La serie animada, inicialmente con la voz de Richard Moll (en «Nothing to Fear», «Dreams in Darkness» y «Two-Face»). Se alude al Dr. Thomas Wayne en The Batman. Esto llevó a Hugo Strange a recibir órdenes de orquestar la muerte de Thomas Wayne. Thomas también era amigo cercano del Dr. Matthew Thorne y el Dr. Long (facultad de la Universidad de Gotham). En el episodio «La ira de los villanos: Pinewood», se revela que Thomas es un querido amigo de Hugo Strange que intentó razonar con él antes de su muerte para no oponerse al grupo detrás de Wayne Enterprises. En el universo alternativo revisado Tierra 3 de «The New 52», Thomas Wayne Sr. aparece en la historia de origen de Owlman. Thomas Wayne en esta película es retratado con mucha menos simpatía que en otras encarnaciones. De acuerdo con Alfred Pennyworth, disfraz de harley quinn niña él y Martha Wayne creyeron que el ejemplo que dieron ayudaría a inspirar a la élite adinerada de Gotham a participar en la ayuda de la ciudad. En este planeta se identifican las 4 estaciones que conocemos, pero con cierta diferencia. Aunque este ataque no «mata» a su víctima, envía a su conciencia hacia mundos paralelos.
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